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北京时间8月25日0时，2006-07赛季欧洲冠军杯小组赛抽签仪式在摩纳哥格里马尔迪会议文化中心进行。结果， 切尔西 与 巴塞罗那 这对老冤家连续第三个赛季聚首；上赛季意甲冠军 国际米兰 与德甲冠军 拜仁 同组；而 皇马 则连续第二年与里昂分在同一小组。
曼联 和 AC米兰 的运气不错，这两支豪门的小组对手都不算太强。
新赛季欧洲冠军杯小组赛的6个比赛日分别为北京时间：9月13/14日，9月27/28日，10月18/19日，11月1/2日，11月22/23日，12月6/7日。每支球队在周三打3场比赛，周四打3场比赛。每个小组前两名进入淘汰赛阶段，第3名进入联盟杯第3轮。淘汰赛阶段的抽签仪式将于12月16日在欧足联总部瑞士尼翁进行。决赛将于5月24日在希腊雅典举行。
A组赛程：
（北京时间）
| 比赛日期 |
比赛时间 |
对阵双方 |
| 9月13日 |
02：45 |
切尔西-- 不来梅 |
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巴塞罗那--索非亚列夫斯基 |
| 09月28日 |
02：45 |
索非亚列夫斯基--切尔西 |
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不来梅--巴塞罗那 |
| 10月19日 |
02：45 |
不来梅--索非亚列夫斯基 |
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切尔西--巴塞罗那 |
| 11月01日 |
03：45 |
巴塞罗那--切尔西 |
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索非亚列夫斯基--不来梅 |
| 11月23日 |
03：45 |
索非亚列夫斯基--巴塞罗那 |
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不来梅--切尔西 |
| 12月06日 |
03：45 |
切尔西--索非亚列夫斯基 |
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巴塞罗那--不来梅 |
B组赛程：
| 09月13日 |
02：45 |
拜仁慕尼黑--莫斯科斯巴达克 |
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里斯本竞技--国际米兰 |
| 09月28日 |
02：45 |
国际米兰--拜仁慕尼黑 |
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00：45 |
莫斯科斯巴达克--里斯本竞技 |
| 10月19日 |
02：45 |
里斯本竞技--拜仁慕尼黑 |
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国际米兰--莫斯科斯巴达克 |
| 11月01日 |
03：45 |
拜仁慕尼黑--里斯本竞技 |
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02：45 |
莫斯科斯巴达克--国际米兰 |
| 11月23日 |
03：45 |
国际米兰--里斯本竞技 |
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02：45 |
莫斯科斯巴达克--拜仁慕尼黑 |
| 12月06日 |
03：45 |
里斯本竞技--莫斯科斯巴达克 |
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拜仁慕尼黑--国际米兰 |
C组赛程：
| 09月13日 |
02：45 |
加拉塔萨雷--波尔多 |
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埃因霍温-- 利物浦 |
| 09月28日 |
02：45 |
利物浦--加拉塔萨雷 |
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波尔多--埃因霍温 |
| 10月19日 |
02：45 |
加拉塔萨雷--埃因霍温 |
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波尔多--利物浦 |
| 11月01日 |
03：45 |
利物浦--波尔多 |
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埃因霍温--加拉塔萨雷 |
| 11月23日 |
03：45 |
利物浦--埃因霍温 |
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波尔多--加拉塔萨雷 |
| 12月06日 |
03：45 |
埃因霍温--利物浦 |
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加拉塔萨雷--利物浦 |
D组赛程：
| 09月13日 |
02：45 |
奥林匹亚科斯--瓦伦西亚 |
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罗马--顿涅茨克矿工 |
| 09月28日 |
02：45 |
瓦伦西亚--罗马 |
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顿涅茨克矿工--奥林匹亚科斯 |
| 10月19日 |
02：45 |
瓦伦西亚--顿涅茨克矿工 |
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奥林匹亚科斯--罗马 |
| 11月01日 |
03：45 |
罗马--奥林匹亚科斯 |
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顿涅茨克矿工--瓦伦西亚 |
| 11月23日 |
03：45 |
顿涅茨克矿工--罗马 |
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瓦伦西亚--奥林匹亚科斯 |
| 12月06日 |
03：45 |
奥林匹亚科斯--顿涅茨克矿工 |
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罗马--瓦伦西亚 |
E组赛程：
| 09月14日 |
02：45 |
里昂--皇家马德里 |
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00：45 |
基辅迪纳摩--布加勒斯特星 |
| 09月27日 |
02：45 |
布加勒斯特星--里昂 |
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皇家马德里--基辅迪纳摩 |
| 10月18日 |
02：45 |
布加勒斯特星--皇家马德里 |
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01：45 |
基辅迪纳摩--里昂 |
| 11月02日 |
03：45 |
皇家马德里--布加勒斯特星 |
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里昂--基辅迪纳摩 |
| 11月22日 |
03：45 |
布加勒斯特星--基辅迪纳摩 |
|
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皇家马德里--里昂 |
| 12月07日 |
03：45 |
里昂--布加勒斯特星 |
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02：45 |
基辅迪纳摩--皇家马德里 |
F组赛程：
| 09月14日 |
02：45 |
哥本哈根--本菲卡 |
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曼联-- 凯尔特人 |
| 09月27日 |
02：45 |
本菲卡--曼联 |
|
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凯尔特人--哥本哈根 |
| 10月18日 |
02：45 |
凯尔特人--本菲卡 |
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曼联--哥本哈根 |
| 11月02日 |
03：45 |
本菲卡--凯尔特人 |
|
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哥本哈根--曼联 |
| 11月22日 |
03：45 |
凯尔特人--曼联 |
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本菲卡--哥本哈根 |
| 12月07日 |
03：45 |
曼联--本菲卡 |
|
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哥本哈根--凯尔特人 |
G组赛程：
| 09月14日 |
02：45 |
汉堡 -- 阿森纳 |
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波尔图--莫斯科中央陆军 |
| 09月27日 |
02：45 |
阿森纳--波尔图 |
|
00：45 |
莫斯科中央陆军--汉堡 |
| 10月18日 |
02：45 |
波尔图--汉堡 |
|
01：45 |
莫斯科中央陆军--阿森纳 |
| 11月02日 |
03：45 |
阿森纳--莫斯科中央陆军 |
|
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汉堡--波尔图 |
| 11月22日 |
02：45 |
阿森纳--汉堡 |
|
01：45 |
莫斯科中央陆军--波尔图 |
| 12月07日 |
03：45 |
波尔图--阿森纳 |
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汉堡--莫斯科中央陆军 |
H组赛程：
| 09月14日 |
02：45 |
安德莱赫特--里尔 |
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AC米兰--雅典AEK |
| 09月27日 |
02：45 |
里尔--AC米兰 |
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雅典AEK--安德莱赫特 |
| 10月18日 |
02：45 |
AC米兰--安德莱赫特 |
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里尔--雅典AEK |
| 11月02日 |
03：45 |
雅典AEK--里尔 |
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安德莱赫特--AC米兰 |
| 11月22日 |
03：45 |
里尔--安德莱赫特 |
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雅典AEK--AC米兰 |
| 12月07日 |
02：45 |
AC米兰--里尔 |
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|
安德莱赫特--雅典AEK |
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